在推进内部整合的同时，招商局集团对外部整合的工作一直未放松。招商局集团董事长秦晓指出，外部整合首先是控制权、管理权的获取，及在此基础上搭建统一平台和网络，以实现从投资控股向经营管理的转型。外部整合的第二项工作是保持招商局在主要上市公司中的控制权，对于已失去控制权的公司应根据情况确定战略主控或价值投资的政策。第三项工作是维护招商局在参股企业中的应有话事权和权益。第四项工作是对外兼并、收购，特别是要在国资委整合规划中抓住机会。

　　“现代市场经济，特别是在资本市场上，大型公司对其下属经营单位控股权和经营权的获取是一个最重要、最基本的政策，它的战略、管理、技术、品牌都是建立在控股权和经营权基础上的。因此，招商局把获取控股权、经营权或应有的权益做为集团的一项重要工作。”秦晓说。

　　在外部整合中，近年来，招商局主要做的工作就是深圳西部港口的整合。2000年2月，收购了鹏利集团原持有的凯丰码头20%的股权；2001年3月，从光大集团收购了经营妈湾港1－4号泊位的海星码头的33%股权；2004年，收购了持有深圳西部妈湾港、海星港主要股权的南油集团，成为招商局最终全面完成深圳西部港口外部整合的关键一役；2005年，收购了中远集团持有的蛇口集装箱码头17.5%的股权；2006年12月，招商局又以31.7亿元，对蛇口集装箱码头一、二、三期的股权进行了重组，并收回了原来委托给香港现代货柜码头的对SCT一期的管理权，对SCT一、二、三期统一进行管理，基本完成了西部港口外部整合的大部分工作。目前，招商局仍在就其它一些股权的收购、整合工作进行着努力。

　　经过重组调整后，企业具备了新的发展的基础，同时又适逢外部经济总体环境的转好，招商局管理层果断地抓住机遇，于2004年提出了“再造一个招商局”的目标，即：用五年时间，使招商局到2008年，资产、收入、利润等主要指标都较2003年底的数据翻一番。这一五年目标，又只用三年，在2006年底就实现了。

　　据统计，从2003年底到2006年底，公司总资产稳步增长，从的529.3亿元增加到1143.3亿元，增幅116%。母公司净资产从172.5亿元增加到352.2亿元，增幅104.2%。因招商局国际、招商银行、招商地产等公司股价上涨及招商轮船上市，净资产市值从419.6亿元增加到1290.8亿元，增幅达207.6%。